O PPP-ECOS concede doações aos projetos a partir de editais regulares divulgados amplamente junto ao público-alvo do programa. O ISPN atua como a Coordenação Técnico-Administrativa (CTA) do PPP-ECOS. A CTA realiza uma triagem dos projetos enviados a partir da publicação dos editais. Após a triagem, os projetos seguem para o Comitê Gestor Nacional (CGN), composto por representantes ou especialistas da ABC, FBOMs, FUNATURA, ISA, MMA, MDA, OIT, PNUD, Rede Cerrado e UnB. Cabe ao CGN realizar a seleção final. O acompanhamento técnico-administrativo dos projetos apoiados é feito pelo ISPN.
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